Le but de cette étape est d’estimer les concentrations et les doses d’exposition aux agents pathogènes. C’est une approche essentiellement métrologique : mesure dans les milieux environnementaux mais aussi chez l’hôte récepteur. Outre les méthodes d’analyses décrites ci-dessous l’évaluation des expositions peut aussi avoir recours à la modélisation en s’appuyant sur les données de la microbiologie prédictive.
Les prélèvements en milieu liquide nécessitent souvent un filtrage et une reconcentration de l’échantillon aux travers de filtre afin d’avoir un volume représentatif de l’échantillon à tester. Pour les milieux solides, les microorganismes sont, soit prélevés directement par contact ou extraits.
Pour les bioaérosols, plusieurs méthodes et appareils permettent l’échantillonnage :
- L’échantillonnage par impaction consiste à aspirer l’air à travers une série d’orifices (grille) et à provoquer l’arrêt des particules sur un support de collecte (généralement un milieu de culture gélosé) placé sur le trajet du flux d’air ;
- L’échantillonnage par filtration consiste à séparer les particules de l’air en les faisant passer à travers un média filtrant constitué de filtres capillaires (type membranes en polycarbonate) ou de filtres poreux (type filtres en fibre de verre) ;
- D’autres appareils d’échantillonnage comme les « impingers » ou le CIP 10-M permettent de collecter les micro-organismes dans un liquide.
(Source : INRS – Les risques biologiques en milieu professionnel)
Les prélèvements en milieu liquide nécessitent souvent un filtrage et une reconcentration de l’échantillon aux travers de filtre afin d’avoir un volume représentatif de l’échantillon à tester. Pour les milieux solides, les microorganismes sont, soit prélevés directement par contact ou extraits.
Pour les bioaérosols, plusieurs méthodes et appareils permettent l’échantillonnage :
- L’échantillonnage par impaction consiste à aspirer l’air à travers une série d’orifices (grille) et à provoquer l’arrêt des particules sur un support de collecte (généralement un milieu de culture gélosé) placé sur le trajet du flux d’air ;
- L’échantillonnage par filtration consiste à séparer les particules de l’air en les faisant passer à travers un média filtrant constitué de filtres capillaires (type membranes en polycarbonate) ou de filtres poreux (type filtres en fibre de verre) ;
- D’autres appareils d’échantillonnage comme les « impingers » ou le CIP 10-M permettent de collecter les micro-organismes dans un liquide.
(Source : INRS – Les risques biologiques en milieu professionnel)
Elle reste souvent la méthode de référence pour l’analyse des bactéries. L’ensemencement peut se faire en milieu liquide ou solide. En milieu solide, la mise en culture se fait par étalement ou par incorporation en gélose (il existe différents milieux de culture en fonction de l’agent recherché). Le dénombrement se fait par comptage des colonies : il s’exprime en Unités Formant des Colonies ou UFC). En milieu liquide, la mise en culture se fait par mise en contact de la membrane ayant servi à filtrer l’échantillon ou par ensemencement direct. Le dénombrement se fait par mesure de cinétique de la turbidimétrie.
Figure 33: Culture de bactéries Escherichia Coli sur boîte de Pétri. (Source : CNRS Photothèque / MEDARD Laurence)
Pour les virus, la méthode de culture se fait sur des cellules d'origine humaine ou de cellules provenant de primate. La sélection d'une lignée de cellules doit être spécifique du type de virus étudié. La présence de virus conduit à la destruction des cellules et à l'apparition de plaques ou de zones claires. Le nombre de virus est supposé correspondre au nombre de plaques (le dénombrement est exprimé en UFP : unité formant plaques). Cette technique est la seule capable de prouver le caractère infectieux des virus.
Concernant les parasites, une méthode de culture a été développée pour Cryptosporidium sur des cellules d'adénocarcinomes. Le processus infectieux est détecté par observation des différentes phases du cycle par immunofluorescence. Un dénombrement par l'approche du nombre le plus probable est utilisé. Cette approche est une alternative au test d'infectiosité sur animaux.
Source : Bonnard 2001
Concernant les parasites, une méthode de culture a été développée pour Cryptosporidium sur des cellules d'adénocarcinomes. Le processus infectieux est détecté par observation des différentes phases du cycle par immunofluorescence. Un dénombrement par l'approche du nombre le plus probable est utilisé. Cette approche est une alternative au test d'infectiosité sur animaux.
Source : Bonnard 2001